Seminarios COVID 2021 - PCR en pools para vigilancia de variante Delta de SARS Cov2

Título: PCR en pools para vigilancia de variante Delta de SARS Cov2

Resumen:
Durante la pandemia ocasionada por el SARS Cov2, el surgimiento de las llamadas Variantes de Preocupación (VOCs, por sus siglas en inglés) es una de las muchas aristas que requiere de herramientas flexibles para su abordaje. La aparición de variantes con mayor transmisibilidad puede modificar drásticamente el escenario, pasando de una situación de casos en descenso a un ascenso exponencial, con el consiguiente aumento de internaciones y muertes. Actualmente, en nuestra provincia y en nuestro país, la preocupación está centrada en el eventual ingreso y establecimiento de la variante delta (B.1.617.2). La vigilancia de variantes se lleva a cabo esencialmente mediante secuenciación (parcial o total) a partir de muestras seleccionadas aleatoriamente. Sin embargo, la capacidad de secuenciación es finita, y en el actual escenario de alta circulación viral permite analizar una proporción muy pequeña de las muestras. Además, al haber pocos centros de secuenciación, el proceso de logística genera demoras en los resultados.

En nuestro laboratorio hemos desarrollado reacciones de RT-qPCR específicas para las diferentes VOCs, los cuales emplean reactivos y equipamiento disponible en muchos laboratorios de diagnóstico e investigación. En la presente charla mostraremos los resultados que nos llevan a proponer el uso de un protocolo sencillo como indicador proxy de VOC. Dicha reacción detecta con alta especificidad una región de 9 nucleótidos dentro del gen ORF1ab, que está presente en la variante delta y ausente en las variantes que actualmente circulan en nuestro país. La alta especificidad de la reacción nos permitió, además, validar el uso de la misma en pools de 5 muestras, ampliando aún más la capacidad de tamizaje de la técnica. Discutiremos el protocolo actualmente en uso en San Luis, así como posibles modificaciones y adaptaciones del mismo, de acuerdo a necesidades y capacidades en otras regiones.

Maximiliano Juri Ayub: Profesor Adjunto Área de Biología Molecular. Universidad Nacional de San Luis, Investigador Independiente CONICET (IMIBIO-SL), Investigo sobre Evolución a nivel molecular.

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